Hoewel het Rottemerengebied door de meerderheid van de bevolking wordt gewaardeerd als groen- blauwe oase in de Randstad, en het gebied plannologisch is bestemd om onderdeel uit te maken van een ecologische verbindingszone, dreigt het steeds verder te worden bebouwd, gecommercialiceerd, geprivatiseerd en versnipperd.
Belangrijke bedreigingen voor het gebied zijn:
- Het door het Recreatieschap Rottemeren faciliteren van commerciële plannen van ondernemers, zodat er hogere inkomsten uit pacht opgebracht kunnen worden. De kosten van het beheer van het gebied worden voor 90% gefund door de Gemeente Rotterdam en voor ieder 5% door de Gemeentes Zuidplas en Lansingerland. Er is sprake van een continue druk op dit kostenbudget.
- De geplande woningbouw in en om Rotterdam, de Zuidplaspolder, Lansingerland en Zoetermeer geeft planologische druk op het gebied door ontwikkelactiviteiten aan de randen van het Rottemerengebied en de ontsluitingsvraagstukken van de nieuwe wijken. Daarnaast zullen de toekomstige bewoners ook willen recreëren in dit prachtige gebied. Dit zal om een zorgvuldige inpassing vragen.
- De door het Rijk gewenste aanleg van windmolenparken in de regio.
- De organisatie van grootschalige muziekfestivals in en om het gebied. Het Lansingerveld in Bergschenhoek, de commerciële eilanden in de Eendragtspolder in Zuidplas en het park in Nesselande, Rotterdam zijn 3 evenementen terreinen die binnen een straal van 1,5 km van elkaar liggen en van elkaar gescheiden worden door grote wateroppervlakken. Er is tot op heden geen coördinatie van activiteiten tussen de gemeentes inzake de te organiseren festivals.