Gezichtsbepalend in het Rottemerengebied is vanzelfsprekend het riviertje de Rotte zelf. De rivier ontspringt bij Moerkapelle en stroomt in zuidelijke richting naar Rotterdam. Ter hoogte van Bleiswijk verbreed de rivier zich in de zogenoemde Rottemeren en vervolgt haar loop vervolgens al kronkelend langs Bergschenhoek en Oud-Verlaat naar Rotterdam. Deze stad ontleent overigens zijn naam aan de Rotte (dam in de Rotte).
De rivier ligt hoger dan de omliggende polders. Wandelend of fietsend heeft men vanaf de hoge, met riet begroeide rivierdijk, een fraai uitzicht op de lager gelegen polders: typisch Hollands.
Op meerdere plaatsen langs de Rotte zijn de sporen van de vroegere strijd tegen het water nog goed zichtbaar. Aan de oostelijke oever tussen Moerkapelle en Zevenhuizen bevinden zich verschillende oude watermolens, waaronder bijvoorbeeld een nog werkende monumentale Molenviergang in de Tweemanspolder. Aan beide oevers ziet men de nodige afgeknotte molens en oude watergangen.
Ook zijn er een tweetal oude – eveneens monumentale – houten sluizen te bewonderen: een tussen de Rotte en de Lange Vaart in Bleiswijk (Het Bleiswijkse Verlaat) en een tussen de Rotte en de Hennipsloot in Zevenhuizen (Het Zevenhuizer Verlaat). De laatste is nog altijd in gebruik om het vaartuigen mogelijk te maken vanuit de Rotte de Hollandse IJssel te bereiken.
Naast open polder zijn langs de Rotte ook verschillende bosgebiedjes aanwezig, waaronder het Hoge- en Lage Bergse Bos en de Bleiswijkse Zoom.
Bijzonder fraai is het zogenoemde Koorenmolengat, een ruig begroeid laagveengebied doorsneden met sloten en plasjes. Het is een klein afgesloten natuurreservaatje dat echter regelmatig kan worden bezocht onder leiding van gidsen van .
De gevarieerdheid van het landschap (polder, bos, water, riet en tuinen) brengt met zich mee dat een groot aantal plant- en diersoorten zich in het Rottemerengebied thuisvoelen. De combinatie van landschap, cultuurwaarden en natuurwaarden versterken de kwaliteit en beleving van het gebiedje